Organon is vergevorderd op het gebied van de ontwikkeling van 3-D-modellen en technieken om databases te doorzoeken. Vandaag de dag hoeven er alleen een atoomstructuur en coördinaten in het computersysteem te worden ingevoerd, waarna de relatie tussen structuur en functie van de verbinding onmiddellijk in model wordt gebracht.

Het DOCK-programma voor direct ontwerpen begint met de vorm van de receptorlocatie en stelt op basis van vorm en elektrostatische eigenschappen vast welke moleculaire structuren passen. Organon heeft daarnaast een indirecte methode voor het ontwerpen van geneesmiddelen ontwikkeld dat Superposition by PERMutation ofwel SPERM heet. Deze methode gaat uit van een molecule die actief is gebleken op een specifieke receptorlocatie en maakt vervolgens gelijksoortige, driedimensionale moleculen.

Het modelleren met de computer heeft al zeer veel succes geoogst. Organon heeft als eerste de moleculaire structuur van antithrombine III in model gebracht, een van de vele eiwitmoleculen die nodig zijn om bloedstollingen te remmen. Dit model is zeer waardevol gebleken in de zoektocht naar nieuwe antistollingsmiddelen.